Барвник червоний ДНК/РНК (без етидію) – чутливий, стабільний та нетоксичний флуоресцентний барвник нуклеїнових кислот. Застосовується для фарбування нуклеїнових кислот (одноланцюгова ДНК (ssDNA), дволанцюгова ДНК (dsDNA), РНК) в агарозних гелях та поліакриламідних гелях.
Барвник червоний ДНК/РНК (без етидію) має вищу від етилбромід (EB) чутливість. Барвник червоний ДНК/РНК зв’язує молекули нуклеїнової кислоти шляхом інтеркаляції, не є немутагенний у робочих концентраціях. Більш безпечний та екологічний ніж етилбромід (EB).
Барвник не може проходити крізь клітинні мембрани або латексні рукавички. Цей продукт пройшов випробування на біобезпеку, не є мутагенним у робочих концентраціях. Барвник можна скидати прямо у каналізацію.
Зберігання:
Зберігати при кімнатній температурі у захищеному від світла місці. Барвник червоний ДНК/РНК (без етидію) є стабільний протягом, принаймні, одного року з дати його отримання.
Протоколи:
Оскільки молекули нуклеїнової кислоти зв’язуються з барвником, це впливає на їхнє власне пересування під час електрофорезу. Це також спричиняє взаємодію сусідніх смуг нуклеїнових кислот одина з іншою. Рекомендується – проводити постфарбування. Для поліакриламідних гелів також рекомендується післяфарбування.
1. Протокол для агарозного гелю
1.1 Приготуйте агарозний гель відповідно до Вашого стандартного протоколу;
1.2 Додайте відповідну кількість “Барвника червоного ДНК/РНК” до розтопленої агарози, щоб зробити її 1×, ретельно перемішати.
Наприклад, 50 мл розчину агарозного гелю вимагає додавання 5 мкл 10 000× “Барвника червоного ДНК/РНК”;
1.3 Вилийте гель та дайте йому застигнути;
1.4 Завантажте зразки у лунки та запустіть гель-електрофорез відповідно до Вашого стандартного протоколу;
1.5 Спостерігайте окрашування геля через трансілюмінатор (302 нм) та збережіть фотографії.
2. Протокол після фарбування
2.1 Запустіть гель-електрофорез відповідно до Вашого стандартного протоколу;
2.2 Розведіть 10 000× розчин “Барвника червоного ДНК/РНК” у 3 300 разів, щоб отримати 3× розчин для фарбування у воді.
Наприклад, 50 мл 3× розчину для фарбування містить 15 мкл 10 000× “Барвника червоного ДНК/РНК”;
Примітка: розведення 10 000× розчину “Барвника червоного ДНК/РНК” 0,1 М NaCl може підвищити чутливість. Але може сприяти випаданню осаду, якщо фарба була використана повторно.
2.3 Помістіть гель у відповідний контейнер, наприклад, поліпропіленовий контейнер. Додайте достатню кількість 3-кратного фарбувального розчину, щоб занурити гель;
2.4 Обережно коливайте гель при кімнатній температурі приблизно 30 хвилин;
Примітка: час фарбування залежить від товщини гелю та концентрації агарози. Поліакриламідні гелів, що містять 3,5%-10% акриламіду, зазвичай фарбуються від 30 хвилин до 1 години.
2.5 Обережно промийте пофарбований гель водою;
2.6 Перегляньте пофарбований гель через трансілюмінатор (302 нм) та збережіть фотографії.
Примітка. Розчин для фарбування можна використовувати повторно щонайменше 2-3 рази. Зберігати при кімнатній температурі у захищеному від світла місці.
Примітка:
1. Структура “Барвника червоний ДНК/РНК” є запатентованою, важко проникає через клітинну мембрану, безпечніша ніж етилбромід (EB). Має більший вплив на пересування ДНК, ніж інші барвники. Тому, щоб уникнути невідповідного пересування фрагментів ДНК, особливо мультифрагментів ДНК-маркера, рекомендується використовувати метод постфарбування.
2. При низьких температурах, “Барвника червоний ДНК/РНК”, схильний до випадання у осад. Зберігайте при кімнатній температурі. У разі випадання осаду барвник можна нагріти до 45-50 °C, 2 хвилини та перемішати на вортексі.
3. Рекомендована кількість становить 50-200 нг/доріжку. Рекомендована кількість зразку, нуклеїнової кислоти для завантаження, становить: 50-200 нг/доріжка. Якщо яскравість зразка при невідомій концентрації занадто висока, зменшіть кількість зразка.
Розроблено серію маркерів зі стандартними молекулярними масами ДНК з макромолекулами. Використовуючи готові агарозні гель з нецитотоксичними барвниками нуклеїнової кислоти, поєднуйте їх із серією ДНК маркерів “ЛД”. Як показано на малюнку ліворуч, ДНК-маркер “ДС 5000” у попередньо забарвленому гелі “Барвника червоний ДНК/РНК” стискається смужками та не може бути ефективно розділений, тоді як смуги “ЛД ДС 5000” можна нормально розділити.
